朱万化知道，后世为了清理三峡的礁石，很费了一番力气，据说动用了大炮。
随后朱万化给南阳的独立一团发去了调兵命令，命令他们出动两个营，急行军到达宜昌，与长江舰队汇合，战役总指挥是张志勋。
南阳还保留了一个营留守农牧场，命令山东的三师调一个营到南阳，以填补那里的空虚。
朱万化把宜昌的战役目标告诉了长江舰队，命令长江舰队与独立一团取得联系，协调出兵的时间，向宜昌进发。
得到命令的长江舰队和独立一团的两个营，于十一月二十日上午到达宜昌。
此时的长江舰队的舰船还有：旗舰、炮舰两艘、炮艇六艘，运输船两艘，外加快速通信船两艘，辅助小船两艘。总数十五艘大小船只，在长江上游航道，依然是比较大的船队。
长江在宜昌的区段的流向是从北向南的，这个位置还有一个江岔，这个江岔的两岸都有不少民居，这就是宜昌的繁华之地，宜昌城在江岔之东。过了宜昌的上游，长江的流向就是从西向东了，长江在这里拐了一个直角的湾。在这个弯道的东侧，就是在长江的江岔上，有一条支流叫做黄柏河，黄柏河入长江的河口处有一个类似十二指肠形状的U型宽阔河道，也可以看做是一个小的湖泊。它是一个天然的优良港湾，宜昌水师的基地就在这里。
自从水匪和宜昌水师有了勾连，水匪的老窝就移到了黄柏河中，在过了水师码头的上游位置扎营。从宜昌向长江上游的方向土匪就逐渐多了起来。
对于官匪勾连的土匪，朱万化早就有对应的策略，就是首先剿灭官军，然后才是土匪。所以长江舰队的首要目标就是宜昌水师。
按照这个地形，长江舰队的主力从主河道绕过宜昌，从长江上游转回来，进入江岔，再进入黄柏河，这样就能在战前避开了宜昌城，避免首先惊动官府。
独立一团的两个营，一个在宜昌城北面待命，一个在水师码头的背后，对码头形成包围之势。
进入黄柏河的是：旗舰、两艘炮舰、两艘炮艇，一共五艘铁甲战船。随长江舰队而来的一个陆战连在一艘运输船上，准备战斗打响之后，登上宜昌的江心岛，施行占领和警戒。
舰队进入黄柏河后转过一个小弯道，就看到了宜昌水师的码头。码头上大型的战船有四艘，这就是水师的主力舰只，中小船只有二十几艘，水师的绝大部分船只都在这里了。在旗舰的指挥下，五艘铁甲舰船成包围之势，就冲了上去。与此同时旗舰上的喊话器开始喊话：
“宜昌水师的官兵们，我们是国防海军长江舰队，你们被包围了，我命令你们投降！船上的官兵全部登岸，在码头上列队等待处理。反抗者杀无赦！”
独立一团的士兵已经从背后进入了码头区，对于各种建筑开始清理和占领。
国防军的对手是官军，同是大明的子民，作战时就要手下留情了，大炮能不开就不要开炮，陆地上的进攻也尽量使用喷子，少伤性命。何况勾连水匪的主要是军官，士兵中为非作歹，参与土匪行动的只是个别人。因此，张志勋下令，非不得已不必伤人，开枪也是朝地下、天上打，起到震慑作用即可。
因此舰艇上的火炮都没有开炮，只有机枪在朝天鸣枪。但是炮舰和快艇前进速度很快，水面也不是很开阔，只是一瞬间炮舰、快艇就到达了只有100米左右的距离，舰船也就停止了前进，枪炮全部指向码头上的船只。
湖广处于内陆，多年没有战事，西北的乱民还没有袭扰到这里，距离后金的鞑子更是遥远，除了地方匪患之外那里有作战行动？大明的财政拮据，后方的部队供给不足，加上军纪松弛，管理混乱，很少有训练，所以水军的船只常年停泊在码头，很多船恐怕都开不出去了。因此，船上基本没有人，人员都在岸上，兵营里的人数也未必整齐。
长江舰队的水上突袭只是做做样子，以防万一，根本就不可能有反抗，就只剩下不停地喊话的功能了。
陆地上的进攻倒是有小小的冲突。毕竟打到人家的营房里，营房区域连像样的岗哨都没有，直接就冲进了营区，大声的喝令，夹杂着喷子的射击声，很快就在营区的各个角落响起来。反抗还是有的，水军的士兵几乎是赤手空拳，手中有武器的不多，打伤几人之后，宜昌的水军士兵就被赶到码头上聚集在一起做了俘虏。
直到做了俘虏，宜昌水师的官兵也是处于懵懂中，不知道这是为了什么？国防军为什么会突然袭击他们。
突袭宜昌水师营地的是独立一团二营。
首先是区别出军官和士兵分别关押，按照水师的编制和花名册检查漏网的人员，询问去向以便抓捕。军纪败坏的部队，吃空饷是一个方面，长期脱离军营的也不在少数。
由于对水匪俘虏的审讯已经掌握了勾连土匪的军官名单，因此，有目标的抓捕行动立即展开，目标当然就是宜昌城以及城区周边的民居。
到城里抓捕就要占领城区，所以这边码头上的战斗打响的时候，独立团隐蔽在宜昌城北面的一个营，就开始突袭宜昌城了。
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